Sự lạm quyền của một số cán bộ Đảng địa phương đã dẫn tới việc vô cớ kết án và những tội ác trong các cuộc thanh lọc. Tuy nhiên, với tầm nhìn xa của mình, Stalin đã tố cáo những vấn đề về sự lạm quyền của các cán bộ địa phương khi cuộc thanh lọc chỉ mới diễn ra trong 6 tháng. Hội nghị Ủy ban Trung ương Trung ương tháng 1/1938 đã ra nghị quyết yêu cầu chấm dứt việc kết án vội vã dẫn tới oan sai, nhưng nghị quyết này vẫn bị bỏ qua bởi một số cán bộ địa phương[35]

Sau Hội nghị Ủy ban Trung ương Trung ương tháng 1/1938, các vụ thanh lọc đã bị hạn chế và được theo dõi cẩn thận bởi Stalin cũng như chịu sự giám sát nghiêm ngặt của các cơ quan Đảng. Trong suốt mùa hè và mùa thu năm 1938, các vụ bắt giữ các quan chức Đảng hàng đầu vẫn tiếp tục, nhưng luôn phải có chấp thuận của Stalin để tránh địa phương lạm quyền. Các lãnh đạo của Đảng khu vực đánh giá cao sự "lành mạnh" trong bầu không khí chính trị. Trong tháng 6/1938, thư ký thứ ba của Đảng bộ tỉnh Rostov, M. A. Suslov, báo cáo tại một hội nghị Đảng rằng tình hình trên địa bàn tỉnh đã được cải thiện so với nửa năm trước đây: "Việc thực hành khai trừ một cách bừa bãi Đảng viên đã chấm dứt. Dần dần không khí đa nghi đã bị phá bỏ. Các lãnh đạo Tỉnh ủy đã quan tâm và chăm chú điều tra các khiếu nại của những người bị khai trừ"[36]

Đến cuối năm 1938, cuộc thanh lọc kết thúc, không khí chính trị tại Liên Xô bình ổn trở lại.

Theo Gabor Rittersporn, những gì nổi lên từ các bằng chứng gốc là "Đại thanh trừng" cho thấy rõ ràng là nó không có những đặc điểm của "một chiến dịch tiêu diệt được lên kế hoạch tỉ mỉ của 1 đầu óc khao khát trả thù và quyền lực tuyệt đối, được thực hiện bởi các lực lượng biết vâng lời Stalin" như cách hiểu của phương Tây. Ngược lại, nó sinh ra bởi các hoạt động của một chế độ mà rõ ràng là lãnh đạo nhiều nơi nằm ngoài tầm kiểm soát của Stalin, và ông không thể quản lý nổi (những lãnh đạo địa phương này)... những sự kiện năm 1936-1938 là những biểu hiện của một loại "chiến tranh dân sự" đối với chính giới cầm quyền[37].

Tại Đại hội Đảng ngày 18 tháng 3 năm 1939, cả Stalin, Molotov, và Zhdanov đã phê phán những "sai lầm nghiêm trọng" và bệnh nghi ngờ đã ảnh hưởng xấu nhất công việc của Đảng. Zhdanov, người đã cho một trong những báo cáo chính trị tại Đại hội, khiển trách các tổ chức Đảng địa phương là "thừa thãi lòng nhiệt thành đến mức ngu ngốc", "trích dẫn các bằng chứng giả và giả định về tội đồng lõa". Cuộc bỏ phiếu tại Đại hội đã tổng kết rằng cuộc thanh lọc là kém hiệu quả và gây nhiều hậu quả xấu. Điều lệ Đảng được thông qua tại Đại hội lần này đã đưa ra quy định mới đối với quyền kháng cáo của người bị kết án, cũng như cấm việc thanh lọc hàng loạt. Một nguyên tắc mới được thông qua tại Đại hội lần thứ 18: "Khi những câu hỏi về việc khai trừ một thành viên của Đảng hoặc phục hồi của một thành viên bị khai trừ được thảo luận, sự thận trọng tối đa và xem xét đến tình bạn hữu phải được thực hiện, và các căn cứ cho các cáo buộc chống lại Đảng viên phải được điều tra kỹ lưỡng."[38]